雨隐村永远笼罩在悲伤的雨丝之中，没人知道大陆上嚣张跋扈的强大叛忍组织‘晓’就藏身在这里。
晓组织刚组建的时候有三个忍者，正是自来也教导过两年的弥彦，长门和小南。弥彦从自来也身上学会了守护和平的理念，于是和两个好伙伴成立晓，立志改变忍者世界，不再让二战这样的悲剧发生。
二战的主要战场就是他们居住的雨之国，当初被称为忍界顶点的山椒鱼半藏以小村之力挑战木叶，试图撬动五大国的格局，最后惨败，雨之国国力衰败，雨隐村也是惨不忍睹，路有冻死骨，河水满饿殍。
在乱世中成长起来的三人希望自己的组织可以成为国家的希望，所以以‘晓’为名。三个年轻有为的少年也确实一度影响了整个村子，卓有功效，吸引了很多年轻的忍者加入他们。
然而一个发展迅猛的强力组织必然会引起统治者的注意，特别这个组织的理念还和统治者的想法相悖的时候。
山椒鱼半藏有自己的野心，而晓组织却不想发动战争。晓组织的存在在山椒鱼半藏看来就是麻痹雨隐村的毒·品。加上志村团藏的煽风点火，最后山椒鱼半藏终于对晓出手。
山椒鱼半藏先欺骗小南，将她控制作为人质。然后又在包围圈里以小南生命为威胁，要弥彦和长门自相残杀。最后弥彦自己撞上了长门的苦无死去，好友的惨死激发了长门的轮回眼，山椒鱼半藏这位年迈的忍界顶点也只能含恨而死。
可以说本来事情到这里还有余地，然而长门这个本来就没有目标的男人接过了弥彦的遗愿，成为了晓的领导，开始将‘晓’变为恐怖组织。
当然长门也并不是一开始就黑化的，在暗中还有一个人影响着他，就是宇智波带土。开始宇智波带土是按照宇智波斑的安排和晓组织接触，因为长门的轮回眼就是斑移植给他的。斑知道自己快死了，在和初代目一战之中他也伤的不轻，所以他安排了复活事宜。只要使用轮回眼的秘术，就能让人起死回生。
而这双轮回眼正是宇智波斑一生中最高的成就，直到生命的尽头才觉醒的终极武器。
斑一开始就选择长门，后来更是希望把‘晓’变为一个为了复活他而活动的组织，当然作为报酬他将会为晓实现‘永恒的和平’。
弥彦活着的时候表示十分感动但拒绝了，他从自来也身上学到和平是需要自己双手来争取和守护的，并没有捷径。
然而弥彦死了，证明他坚持的理念错了。如果还是希望和平的话，长门必须要另辟蹊径，于是他听从带土的建议，终于走上了斑安排的道路。
此时小南站在雨中，脑海里抹不掉那些无辜孩童惨白的面庞，那些年轻的生命就这么逝去了，就好像被骤雨摧残凋谢的花朵，被他们亲手打落。
一直以来坚信自己能带去和平，可是现在看‘和平’的代价或许是他们不能付出的。还有晓组织的那些叛忍，难道没有一点人性么？看到这么多孩子死去竟然无动于衷，小南动摇了。
淅淅沥沥的雨中，带土躲在暗中观察。他能感到小南的心境变化，其实他也很震惊，不知道谁会用这样的手段。
不过带土能确定，这种行为并不是要打败晓，而是要从心理上瓦解晓的成员，其心可诛。这个大陆上能做到这个的恐怕并没有几个人，就算是擅长幻术的宇智波家族也没有人能做到，带土的脑海里浮现出了一个许久不见的‘熟人’——杜兰。
但没有证据，而且现在幕后黑手已经不重要了，重要的是必须要完成斑的计划，到时候所有人都会得到幸福。
带土也是有个故事的人，他也是被斑陷害才成为斑的继承人的。
当然斑也有故事，他所做的一切也并非他自己一个人完成的，他有一个名为‘绝’的合作伙伴。
还是当然，绝也不是一般人，他是幕后boss大筒木辉夜的一个小小分身，他的目的不是为了帮斑建造大同社会，而是为了复活大筒木辉夜。
这一环扣一环的，简直就是个传销组织，忽悠一个算一个。绝忽悠斑达成‘无限月读’，斑将这个目标和带土共享，然后带土打了一个折扣去忽悠长门，复活斑是目标，永恒和平是报酬。
带土想到杜兰不是没有依据的，这几年里，他总觉得在看似光明的木叶中隐藏这一抹比黑洞还要黑的阴影。大陆上出现的那些稀奇古怪的通灵兽还有各种古怪的技巧都是杜兰出现之后才出现的，这一切一定都有联系。
而且绑架孩子，把他们当做炮灰来打击晓成员的心理防线，这种恶毒的办法绝对不是一般人能想到和办到的，想来想去除了杜兰之外没有其他人。因为杜兰真的无所不能，带土知道要完成‘无限月读’计划，杜兰绝对是最大的敌人。
没有理由，就是这么觉得。
又有人来了，带土继续暗中观察，原来是长门控制的弥彦尸体制成的傀儡来开导小南。
长门知道他们遇上了最恶毒的敌人，但敌人越是恶毒他们就越要打起精神：“小南，正是因为世界上有那种人，我们才更应该坚定自己的道路。”
“可是……”小南心说可以继续走下去，但走下去的话，他们到底还要牺牲什么？现在先是几百个孩子，然后呢？他们可以把整个世界都作为和平的祭品么？一个声音告诉小南，和平不是这样的。
“我们没有选择，难道你还没有看清这个浑浊的世界么？他们是不会理解我们的痛苦的，只有等他们品尝完我们体会过的痛苦，他们才会珍惜和平。”长门控制弥彦尸体说道，这具傀儡的名字就叫做‘六道佩恩’。
佩恩，就是痛苦的意思。
……小南以前很认同这点，她认为其他人经历了痛苦之后也会变得和他们一样，这是以己度人。但这一次她却认为不能继续下去了，敌人的恶毒超乎想象。再如此发展下去，其他人没有感受到痛苦，晓组织的人就先要失去做人的资格了，到时候他们还有什么资格为世界争取和平？但她知道自己说服不了长门，所以沉默了。
小南知道现在只能由自己找出幕后黑手，阻止他，这样晓组织才能继续下去。否则晓组织将会和幕后黑手一样罪孽深重，为了同伴她必须有所行动：“我知道怎么办。”她要去阻止幕后黑手和晓成员继续造孽。
佩恩看了小南一眼，微微点头，他知道小南的想法，也支持。